สำหรับอนุสรณ์ที่พระไชยบูลย์ได้มีดำริให้ก่อสร้างขึ้นโดยอาศัยปัจจัยจากศิษยานุศิษย์ ได้แก่

1. หอฉัน: หอฉันที่วัดพระธรรมกาย ได้ตั้งชื่อตามผู้ให้กำเนิดวัดพระธรรมกายว่า "หอฉันคุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง" หรือ เรียกโดยย่อว่า "หอฉันคุณยาย" สามารถรองรับพระภิกษุได้มากถึง 6,000 รูป โดยในแต่ละวัน จะมีสาธุชนมาร่วมกันถวายภัตตาหารและน้ำปานะแด่พระภิกษุสามเณร จำนวนกว่า 1,200 รูป ซึ่งประจำอยู่ ณ วัดพระธรรมกาย หอฉันมีพื้นที่กว้างขวางนี้ มักใช้เป็นสถานที่ต้อนรับพระภิกษุสามเณรอาคันตุกะ และยังเป็นที่รวมตัวกันของพระภิกษุสงฆ์เพื่อการสวดมนต์ การประชุม พร้อมทั้งเป็นสถานที่สำหรับสาธุชนในการถวายภัตตาหาร และสิ่งจำเป็นอื่น ๆ ที่เหมาะสมต่อนักบวช เช่น ผ้าไตรจีวร คิลานเภสัช เครื่องอุปโภค ผ้าห่ม ดอกไม้ ดอกบัว พวงมาลัย และอื่น ๆ
2. มหาวิหารคุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง: สร้างขึ้นเพื่อเป็นอนุสรณ์แด่ผู้สถาปนาวัดพระธรรมกาย โดยเหล่าศิษยานุศิษย์ของจันทร์ ทั้งพระภิกษุและสาธุชน ร่วมกันประกอบพิธีตอกเสาเข็มต้นแรก สถาปนามหาวิหารฯ เมื่อวันที่ 22 เมษายน พ.ศ. 2545 มหาวิหารฯ เสร็จสมบูรณ์ในเดือน ธันวาคม พ.ศ. 2546 ทั้งพระภิกษุและสาธุชน ร่วมกันประกอบพิธีอัญเชิญรูปเหมือนทองคำของจันทร์ไปประดิษฐาน ณ ศูนย์กลางของมหาวิหารฯ ในวันที่ 3 กุมภาพันธ์ 2548 มหาวิหารฯ เป็นสถาปัตยกรรมทรงพีระมิดหกเหลี่ยมสีทอง มหาวิหารฯ ตั้งอยู่ท่ามกลางสระน้ำและแมกไม้อันร่มรื่นภายในวัดพระธรรมกาย มหาวิหารฯ มีพื้นที่ใช้ประโยชน์ 2 ชั้น โดยที่ชั้นที่ 1 ได้จัดให้เป็นพิพิธภัณฑ์เกี่ยวกับผลงานที่จันทร์ได้สร้างและอุทิศไว้ในพระพุทธศาสนา และจัดแสดงข้าวของเครื่องใช้ส่วนตัวของจันทร์ เพื่อบ่งบอกถึงความเรียบง่าย สมถะในการใช้ชีวิตของผู้ที่รักการปฏิบัติธรรม การเป็นผู้สอนธรรมะ และผู้สถาปนาวัดพระธรรมกาย ส่วนชั้นที่ 2 สร้างไว้สำหรับเป็นห้องปฏิบัติธรรม โดยมีรูปหล่อทองคำแท้ของอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง ตั้งอยู่ ณ กลางห้องปฏิบัติธรรม[8]
3. อาคารร้อยปีคุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง: ในปี พ.ศ. 2552 พระราชภาวนาวิสุทธิ์ (พระไชยบูลย์) ได้ดำริให้สร้างอาคารเพื่อเป็นอนุสรณ์และบูชาธรรมแก่จันทร์ อีกหลังหนึ่งทดแทนพื้นที่ที่เคยเป็นสภาธรรมกายสากลหลังคาจากที่ได้เคยใช้เป็นที่ปฏิบัติธรรมตั้งแต่ครั้งสร้างวัดพระธรรมกายได้ไม่นานนัก ทั้งนี้เพื่อใช้เป็นอาคารสำนักงานใหญ่ของวัด เป็นโรงเรียนพระปริยัติธรรม เป็นห้องปฏิบัติธรรมของพุทธบริษัทสี่ขนาดใหญ่ เป็นห้องประชุมทางด้านวิชาการทางพระพุทธศาสนาระดับนานาชาติ โดยมีเจตจำนงให้เป็นฐานที่ตั้งด้านวิชาการในการเผยแผ่พระพุทธศาสนาไปทั่วโลกและวิธีปฏิบัติธรรมเพื่อให้เข้าถึงพระธรรมกายภายใน โดยให้ชื่ออาคารหลังนี้ว่า "อาคารร้อยปี คุณยายอาจารย์มหารัตนอุบาสิกาจันทร์ ขนนกยูง" โดยมีการระดมทุนร่วมปัจจัยสร้างโดยการทอดกฐินสามัคคี ซึ่งให้ชื่อว่า "กฐินบรมจักรพรรดิ์" ในเดือน พฤศจิกายน พ.ศ. 2552